Con motivo de la primera expedición jesuita al Perú, en 1568, en su paso por la ciudad, los vecinos solicitaron al P. Jerónimo Ruiz del Portillo el establecimiento de un centro educativo regido por la Compañía de Jesús.
En 1577 se establecerían en la ciudad, el
P. Miguel Fuentes con un Hermano venidos como capellanes del Ejército enviado desde Perú, para combatir a los piratas que se habían asentado en las montañas del Bayano a los años.

Más tarde, en abril de 1594, la Compañía se establece definitivamente en Panamá, abriendo las puertas de un humilde colegio gracias a la donación de una benefactora. El colegio es muy bien aceptado ya que sus alumnos progresaban no sólo en los ejercicios literarios, sino que también en la práctica de la piedad.
El Colegio adquiere rango universitario cuando Monseñor Francisco Luna, deseando establecer una Universidad en el Istmo, colabora para inaugurar dos Cátedras (de Filosofía y Teología), y logra una donación para la construcción de un edificio nuevo.

En 1671, debido a las invasiones y destrucciones en la ciudad del pirata Henry Morgan, los Padres Jesuitas quedan desamparados.
En 1673, con la reconstrucción de la ciudad y gracias a donaciones, fueron recuperando y construyendo nuevos edificios.

El 3 de junio de 1749, por Real Decreto, se concedió licencia a fin de fundar tres cátedras (de Filosofía, Teología Moral y Escolástica) en el Colegio de la Compañía de Jesús en Panamá. Así queda fundada la Real y Pontificia Universidad de San Javier.
El 27 de febrero de 1767 , por decreto del Rey Carlos III, los Jesuitas quedan expulsados de dominios españoles, muchos fueron conducidos a prisión y desposeídos del edificio y de sus haberes. En el exilio de los Estados Pontificios murieron la mayoría de ellos.
Un siglo después, quedó instalada definitivamente la residencia de los Padres Jesuitas en la actual iglesia de San Francisco.

En diciembre de 1925, un grupo de prestigiosos ciudadanos católicos dirigen una carta circular a distinguidos señores en el Istmo sobre la necesidad de abrir un Colegio Jesuita.
En 1948 llega un grupo de 7 Jesuitas a organizar la apertura del nuevo Colegio Javier, localizado detrás de la iglesia de San Francisco en el Casco Viejo de la ciudad.
El 24 de mayo de 1948, se abren por primera vez, a los alumnos, las puertas del colegio. Detrás de la fundación y apertura del nuevo colegio, hubo 201 fundadores, cubriendo desde 1er grado hasta 1er año de Ciencias y Letras.

Desde 1954 a 1956 se termina de construir el edificio para el nuevo sitio del Colegio, localizado en Perrys Hill en Bella Vista.
En 1970 se abre el capítulo más importante del Colegio Javier con la creación del Servicio Social Javeriano. Surge como recomendación de una reunión de Superiores de la Compañía de Jesús, efectuada en Río de Janeiro en 1969. Tiene como objetivo último: «Contribuir al Crecimiento del Reino de Dios en Panamá, mediante una educación evangelizadora».
En 1975, comienza la integración femenina, dejando de ser un Colegio exclusivo para hombres. La promoción de 1986 será la primera clase graduada mixta.

Después de 55 años en la sede de Perejil, el 27 de mayo del 2010 tuvimos la inauguración de los nuevos edificios en Clayton. Bendijo e inauguró el colegio el P. General de los jesuitas, P. Adolfo Nicolás, con la presencia del
P. Provincial, Jesús Manuel Sariego, el Vice-presidente del país, Juan Carlos Varela, el Nuncio Apostólico, Monseñor Carrascosa Coso y el Arzobispo Monseñor José Domingo Ulloa.
Son 4 siglos que han estado trabajando los Padres y hermanos Jesuitas «Para la mayor gloria de Dios» en nuestro querido Panamá. Gracias a ellos se han formado hombres íntegros que contribuyen al progreso de la nación. Mil gracias por su trabajo, por el cual todos decimos orgullosamente «Soy Javeriano».